世界をリードするバイオインフォマティクスソフトウェアプラットフォーム

Geneious Primeには、分子生物学やシーケンス分析で必要とされるツールが全て揃っています。生産性の向上、可視化による洞察の向上、エラーやリスクの低減などのいずれを目的に利用したとしても、研究室におけるテータの価値を引き上げることができます。

●Geneiousを利用するメリット
使い方が簡単！
研究者には、新しい科学的知見の為のプログラミングスキルは不要です。Geneious Primeは、直感的に使用できるフレンドリーなユーザーインターフェースにより、シーケンスデータを意味のある形式に可視化できるため、バイオインフォマティクスにアクセス可能です。

パワフルツール
Geneious Primeには、分子クローニング、ゲノミクス、シーケンス分析に不可欠なツールが揃っています。業界をリードするアルゴリズム、パワフルな分析、そして優れた可視化により、データを探索しながら洞察を得ることが可能です。

リポジトリの集中
シーケンスデータの管理・分析を１つのプラットフォームに一元化します。分析結果やNCBIデータをシーケンスと一緒に保存・整理します。直観的なフォルダベースの組織とシームレスに統合された共有データベースにより、チーム間のコラボレーションを変革します。

統合プラットフォーム
ワークフローの自動化。プラグインによる拡張。既存システムとの統合。独自のカスタムアルゴリズムの追加。Geneiousは、作業効率を高め、ビジネスプロセスをコントロールし、そして研究における人為的なミスを減らす為の仕事をしてくれます。


●Geneious Primeの機能一覧

[NGS前処理]
・Illumina、PacBio、NanoPore リードのインポート
・single-endデータとpaired-endデータのトリミング、フィルタリング、逆多重化
・ペアリードのマージ
・重複排除
・エラーを修正して正規化
・キメラの除外

[マッピングとde novoアセンブリ]
・マッピングとdenovoアセンブリのアルゴリズムを簡単に切り替え
・サンガーおよびNGSデータのアセンブリをサポート（paird-endリードとハイブリッドアセンブリを含む。任意の長さのIllumina、PacBio、Oxfor Nanoporeリードを含む。）
・微生物ゲノム、プラスミド、その他の環状配列を組み立てる際に環状コンティグを生成
・ゲノム比較とMAUVEゲノムアラインメントによる仕上げ
・Geneious、Geneious for RNA Seq、BBMap、Minimap2、Bowtie2、TopHatなどのマッパー
・Geneious、SPAdes、Flye、MIRA、Tadpole、Velvetなどのde novoアセンブリアルゴリズム

[変異検出と発現分析]
・GeneiousまたはFreeBayesを使用したSNP/変異の呼び出し
・同期されたゲノムビューを使用して、表形式の結果のリアルタイムフィルタリングを実行
・マップされたRNA-seqデータの発現レベルを計算して比較
・PCAおよびvolcanoプロットを使用して可視化

[配列分析]
・サンガーシーケンストレースファイルのトリミング、アセンブル、および表示
・ベースコールを修正し、コンセンサスシーケンスを作成
・モチーフ、ORF、リピートに注釈付け
・遺伝子と構造要素を予測
・データベースに対する類似性検索によるリアルタイムアノテーション
・選択範囲の即時翻訳か、注釈または選択したフレームの翻訳の表示
・pI、分子量、融点、AA組成などのシーケンスプロパティの動的なグラフ化と統計

[シーケンスアラインメント]
・完全なゲノムアラインメントを含む、DNAまたはタンパク質の複数・ペアワイズシーケンスアラインメント
・Geneious Aligner、MUSCLE、MAFFT、Clustal Omega、MAUVE、LastZなどの信頼できるアルゴリズムによるアライメント
・リアルタイムの翻訳と強調表示を使用して、アライメントを表示および編集

[系統発生学]
・Geneious Tree Builder、MrBayes、PAUP、PhyML、RAxMLなどを使用して系統樹を構築
・系統樹の可視化、編集、マークアップ
・インタラクティブ距離行列ビューア
・出版品質のエクスポート

[マイクロサテライト分析]
・生のABIトレースファイルをインポート
・ピークをトリミング、予測、および手動で調整
・対立遺伝子のピーク分け
・対立遺伝子検出の表出力を生成

[分子クローニング]
・プラスミドマップの表示、ベクターに自動的に注釈付け、注釈付きシーケンスをコピーして貼り付
・ワンステップ GoldenGate（Type IIS）と制限クローニング
・Gibson、GeneArt、In-Fusionを含む相同性ベースのクローニング
・TOPOクローニング
・クローン作成操作の親/子孫系統追跡
・コドン最適化と逆翻訳
・導入の可能性のある制限部位を見つけるためのサイレント突然変異分析
・CRISPR gDNAデザイン
・PCR、消化およびライゲーションのシミュレーション

[プライマーデザイン]
・PCRおよびシーケンシングプライマーとハイブリダイゼーションプローブを、任意のターゲット領域またはシーケンス全体に自動的に設計
・シーケンスビューにプライマーを簡単に追加
・基本的なPCRプライマーとdegenerate PCRプライマーを設計
・設計プロセスの前、中、後に、プライマー配列に拡張子を追加および削除
・テンプレートシーケンス上の追加の結合部位をチェックするためのプライマー特異性テスト
・物性、ヘアピン、プライマーダイマーのスクリーニング
・プライマーをFASTA、スプレッドシート、またはGenBank形式でドラッグアンドドロップ可能

[データ管理とコラボレーション]
・ベクターNTIデータベースを含むファイルとフォルダのドラッグアンドドロップによるインポート
・スプレッドシートからシーケンスやその他のドキュメントにメタデータをインポート
・スマートNGSインポート– SAM、BAM、GFF、BED、およびVCFファイルのあらゆる種類のワンステップインポート
・直感的なフォルダベースのプロジェクト編成
・シームレスに統合された共有データベース
・データベース内のすべてのシーケンスとメタデータに対する素早い検索
・広範なエクスポートオプション

[検索とBLAST]
・NCBIパブリックBLASTデータベースへの直接アクセス
・プライベートローカルデータベース用のカスタムBLAST
・GenBankやUniProtなどの外部データベースの統合検索
・シーケンスをGenBankに直接アップロード
・PubMedで文献を検索
・ローカルまたは共有データベースに対する高度な検索

[ワークフローの自動化]
・ビジュアルエディタを使用して自動バルク分析のワークフローを作成
・"参照シーケンスへのバリアントの適用"、"マップからのSNPの検索"、"ランダムサンプルシーケンス"など、パイプラインを実行するための20を超える組み込みワークフロー
・カスタムコードワークフローを作成するオプションを使用して機能を拡張

[APIと開発]
・プラグイン開発キットを使用して、特殊な機能を追加したり、他のシステムと統合可能
・お気に入りのアルゴリズム、データベース、または視覚化を追加可能
・Geneious Primeのグラフィカルユーザーインターフェースを介して実行するコマンドラインプログラムを作成可能