PRIMER v8 リリース

PRIMER with PERMANOVA+は、前バージョンから大幅にアップグレードされ、数々の素晴らしい新ツールと統計手法を提供します。これらのツールは、作業を効率化するシンプルなユーティリティから、他では見られない高度な分析手法まで多岐にわたります。
尚、PRIMER with PERMANOVA+には、PRIMER Liteのすべての機能が含まれております。

【PRIMER with PERMANOVA+の新機能】

●拡張要約統計量
変数（またはサンプル）を簡単に要約できます。平均値、中央値、範囲、最小値、最大値、指定分位数、歪度、尖度など、多数の標準統計量に加え、出現頻度、単一出現数または二重出現数、特定の閾値を超える最小値など、独自の診断指標も利用できます。
また、因子（または指標）で分割したデータに対して要約を計算することも可能です。


●経験分布／コルモゴロフ・スミルノフ検定
生データまたは累積データの経験分布を作成し、グラフで表示します。頑健なコルモゴロフ・スミルノフ検定を実行して、2つのグループの経験分布を、別の要因のレベル内でも比較します。


●ドットプロット／バイオリンプロット
ドットプロットとバイオリンプロットは、あらゆる個々の変数について、複数のグループにわたるサンプル値の分布の経験的な形状を視覚化する優れた方法を提供します。


●単変量ノンパラメトリック法
PRIMERでは、新たに開発された一連のノンパラメトリック単変量統計検定を実行できます。これらの検定はすべて堅牢な順列アルゴリズムに基づいており、関連するグラフも自動的に出力します。利用可能な検定は以下のとおりです。
・ウィルコクソン符号順位検定（対応のある2標本）
・マン・ホイットニーU検定（対応のない2標本）
・クラスカル・ウォリス検定（複数のグループの比較）
・コルモゴロフ・スミルノフ検定（経験分布の比較）


●不均一分散の許容
PRIMERのPERMANOVAは、多変量非類似度に基づく分析における多変量Behrens-Fisher問題の解決策を提供します（Anderson et al. 2017）。
これにより、多変量分散の異質性を考慮しながら、多変量重心の差を検定することが可能になります。


●有限因子
固定因子とランダム因子という概念は、厳密な二分法として捉える必要はなく、むしろ段階的な発展として捉えるべきです（Anderson et al. 2025）。
PRIMERのPERMANOVAには、「有限」と呼ばれる新しい因子タイプが追加され、サンプリング対象となる母集団のレベル数を指定できるようになりました。
これにより、特に環境影響に関する研究において、推論検定の検出力を大幅に向上させることができます。


●分割プロット／反復測定
PRIMERのPERMANOVAには、「被験者/全体プロット誤差」という新しい因子タイプが追加され、研究デザインにおける複数のレベルで誤差要因を指定できるようになりました。
この変更により、反復測定、分割プロット（および分割分割プロットなど）を用いた研究デザインを容易かつ直接的に分析することが可能になります。


●周期性検定／グループ共変量
PRIMERのPERMANOVAでは、複数の共変量を（指標を用いて）グループ化することができます。
これにより、周期性、循環性、その他の時空間モデルといった多変量パターンを分析するための、数多くの新しいモデルが利用可能になります。


●セントロイドプロット
新しいセントロイドプロットを使用すると、多因子PERMANOVAモデルにおける主効果の相対的な重要性を視覚化したり（主効果プロット）、複雑なPERMANOVA研究デザインにおける細胞セントロイド間のパターンを探索したり（相互作用プロット）できます。
これらはすべて、選択した類似度尺度の空間で構築されます。


●残差プロット
PERMANOVAを用いて1つ以上の支配因子、またはDISTLMを用いて回帰変数の影響を除去し、標本単位間の残差距離／非類似度行列を出力します。
残差距離行列を順序付けすることで、非支配因子を即座に視覚化できます。


●多変量管理図
選択した類似度指標に基づいて、多変量管理図を作成します。
時間経過に伴う変化（プログレッシブ、ベースライン、または移動ウィンドウ基準を使用）に基づいて管理図を作成し、過去の観測値に基づいて個々の観測値が「管理外」になった時点を検出できます。これは、監視アプリケーションにとって非常に優れたツールです。


●新しい標準化オプション
指標（または要因）のグループ／レベルごとに、サンプル（または変数）の標準化を個別に実行し、指定した順序で、生のパーセンテージまたは累積パーセンテージまたは比率として値を出力します。


●連続変数から順序付きグループを作成
選択した連続変数に基づいて、順序付けられたグループからなる新しい因子を生成します。グループ境界を定義するためのオプション基準は豊富に用意されています。
例えば、分位点を「区切り」として指定したり、グループごとにサンプルサイズが等しいグループを複数作成したり、グループ内平方和を最小化したりすることができます。


Primer with PERMANOVA+の詳細はメーカーサイト（英語）をご覧ください。
https://www.primer-e.com/features/primer-8-with-permanova/


【PRIMER Liteの機能】
Prime Liteは、主要なノンパラメトリックツールをすべて搭載したパッケージです。

●エクスプローラーツリーとワークフロー
複数のデータセットを同時に操作したり、複数のグラフィックや出力ファイル間でフォーカスを切り替えたりすることが、すべて単一の対話型で直感的なグラフィカルなWindows環境内で可能です。サンプルや変数の重要なサブセットを特定できます。大規模なデータセットも処理できます（利用可能なメモリ容量のみに制限されます）。指定した基準に基づいてデータをマージまたは分割できます。テストや表示用のグループ構造を定義できます。ガイド付きワークフローで作業を追跡し、分析パスウェイを再現し、カスタムノートを作成し、PRIMERワークスペースのエクスプローラーツリーナビゲーションペインを使用してアイデアを簡単に共有できます。

●マトリックス表示／ヒートマップ
組み込みのウ​​ィザードやシェードプロットツールを使用して、マトリックス表示やヒートマップを作成し、データ値を直接視覚化できます。サンプルや変数を個別に並べ替えるための豊富なオプションから選択できます。プロットの各軸に沿って系列パターンを最大化したり、グループ、補助変数、またはクラスターデンドログラムで制約したりできます。さまざまな基準に基づいて、全体的な変換を適用したり、種セットを削減して選択した数の変数のみを保持したりできます。2Dまたは3D表示の色、シンボル、ラベルオプションをカスタマイズできます。

●クラスター分析
階層的凝集型クラスタ分析を、リンク方式（シングル、完全、グループ平均、またはフレキシブルベータ）を選択して実行します。デンドログラム、コフェネティック距離を生成し、各ノードで実行されるSIMPROFテストによって有意な残存構造を持つクラスターを特定します。SIMPROFの結果に基づいてファクターを作成します。分割型クラスタリングのオプションには、制約なし（UNCTREE）または制約あり（LINKTREE）の方法があります。指定されたグループ数に対してノンパラメトリックk平均クラスタリング（kRCLUSTER）を実行するか、自動SIMPROFカットオフ基準によってグループを選択できるようにします。

●多次元尺度構成法（MDS）
選択した次元で点間の距離の構成を作成し、複数の初期ランダム構成から反復多次元尺度構成法を使用して、元の非類似度（またはそのランク）に一致させて、全体的な最小ストレス解を特定します。 PRIMER 8 では、メトリック (mMDS)、閾値メトリック (tmMDS)、または非メトリック (nMDS) のフレーバーが提供され、ラベルとシンボルをカスタマイズしたり、画像、クラスター、バブル、デンドログラム、軌跡、ベクトルなどを重ねたりするための豊富なオプションがあります。ブートストラップを使用して、MDS プロットで平均化されたデータの信頼領域を表示します。2 次元および 3 次元の順序付けを回転、反転、拡大、回転、シーケンス、アニメーション、保存、共有します。

●ANOSIM
PRIMERソフトウェアは、多変量サンプル（因子のレベル）の事前グループ間の差異を、R統計量を用いて順位の非類似度に基づいて検定するノンパラメトリック検定である類似性分析（ANOSIM）を搭載しています。p値はすべて、厳密な順列法を用いて算出され、完全な設計のコンテキスト内で、任意の因子に対して適切な制約や順列可能な単位の選​​択が行われます。最大3つの因子が交差または入れ子構造になっている設計において、順序付き因子または順序なし因子を検定できます。このような機能を持つソフトウェアは他にありません。

●RELATE／BEST
RELATE を使用して行列相関を計算し、2つの類似度/距離行列 (例: 生物的行列と環境的行列) の間に関連性がないという帰無仮説を検定します。BESTルーチンを使用して、(例: 環境) 変数のサブセット (「適合データ」ワークシートから) を選択し、指定された (「ターゲット」、例: 生物的) 類似度行列との行列相関が最大となる距離 (または非類似度) 行列を生成します。カスタム順列検定では、サブセットの検索が自動的に考慮されます。RELATE 検定用の系列パターンまたは周期性のモデル行列を作成します。これは、別の補助因子のレベル内でも実行できます。

●多様性分析
種ごとのサンプルデータに対して、種数（S）、総個体数（N）、マルガレフの種数、ピエロウの均等度（J'）、ブリルアン（H）、フィッシャーのアルファ、シャノン（H'）、シンプソンの均等度／優占度、ヒルの多様性指数、希少化率など、一連の多様性指数を計算します。個体数またはバイオマスについて、SAD曲線または優占度プロットを作成します。分類群間の分類学的、系統発生学的、または機能的関係を組み込んで、平均特異度（AvTD、Delta+、Phi+）、総特異度（TTD、PD）、または特異度の変動（VarTD、Lambda+）を計算します。ランダム化を使用して、漏斗図または楕円図を作成し、地域リストまたはマスターリストからの代表性を評価します。

●単変量ノンパラメトリック検定
ウィルコクソン符号順位検定、マン・ホイットニーU検定、クラスカル・ウォリス検定、コルモゴロフ・スミルノフ検定、または二変量関連性検定など、全く新しい一連のノンパラメトリック単変量統計検定を実行できます。PRIMERにおけるこれらの検定の実装は、推論に堅牢な順列アルゴリズムを使用し、関連するグラフを自動的に出力するという点で画期的です。

Primer Lite の詳細はメーカーサイト（英語）をご覧ください。
https://www.primer-e.com/features/primer-8-lite/